El 13 de Marzo de 2001 el Honorable Consejo Universitario crea la Comisión de Evaluación Interna, nombrando de manera temporal a distinguidos catedráticos de la universidad, quienes inician su gestión elaborando propuestas de carácter reglamentario, recogiendo bibliografía y diseñando proyectos que abordan temas inherentes a los fundamentos teóricos-operativos de la evaluación, no llegando a concretarse sus propuestas debido al corto tiempo de su funcionamiento, siendo muy meritorio su aporte porque constituyen las primeras acciones que de manera organizada y técnica se dan en este campo, nuevo para nuestra Universidad pero ya de larga trayectoria en otras Universidad de América y el Mundo.
El 8 de marzo de 2002, se reestructura la comisión, nombrándose un representante por cada Facultad, con el carácter de interinos, para que continúen con la responsabilidad de impulsar esta tarea, desde entonces, ha venido cumpliendo diferentes funciones como: capacitación de sus integrantes, difusión de conceptos básicos sobre evaluación, interrelación con comisiones de evaluación de otras universidades y la formulación y diseño del presente proyecto. El 17 de abril de 2005 el Honorable Consejo Universitario nombra al Director de la Comisión y el 24 de mayo del mismo año aprueba el Reglamento de la Comisión de Evaluación Interna de la Universidad de Cuenca.
La Comisión de Evaluación Interna tendrá bajo su responsabilidad, formular el Proyecto de Autoevaluación, dirigir, ejecutar y coordinar el proyecto, preparar y difundir el material informativo, capacitar y asesorar a las subcomisiones, administrar la base de datos, realizar el seguimiento de las actividades de acuerdo al cronograma establecido, elaborar los informes parciales, el informe final y el plan general de mejoramiento.
Evaluación Interna
