El Departamento se originó a partir de la necesidad de solucionar los problemas ambientales complejos de la sociedad. Se llevó a cabo de investigaciones científicas con un fuerte enfoque interdisciplinario y con el enfoque de formar profesionales a nivel de posgrado en maestrías y doctorados. El personal académico pertenece a las Facultades de Ciencias Agropecuarias, Ciencias Químicas e Ingeniería, así como a la Dirección de Investigación.

Actualmente se encuentra en dependencia directa del Vicerrectorado de Investigación.El Departamento de Recursos Hídricos y Ciencias Ambientales fue creado por resolución del H. Consejo Universitario de la Universidad de Cuenca en Julio de 2013. Su formación se logró al unificar diversas unidades académicas que trabajaban en áreas de estudio relacionadas con el agua y el ambiente. Además, entre ellas, también se relacionan con áreas en manejo de recursos naturales, suelos y al Grupo de Ciencias de la Tierra y del Ambiente.