Como complemento a los estudios en las diversas carreras y para una mayor flexibilidad en el curriculum, la Universidad de Cuenca incluye en el plan de estudio las asignaturas de Libre Elección. Estas asignaturas cuyo contenido no esta relacionado con el plan de estudios de la carrera le dan la oportunidad al estudiante de ampliar sus conocimientos en diversas áreas de su interés.